Когда началась Великая Отечественная война, Григорий Бакланов проходил практику на 18-м авиационном заводе, выпускавшем штурмовики Ил-2. Чтобы попасть на фронт, Бакланов экстерном сдал экзамены за десятилетку. В 1941 г. был призван в армию, его взяли в артиллерийский полк рядовым.

Воевал Григорий Яковлевич на Северо-Западном фронте. В августе 1943 г., после окончания 2-го Ленинградского артиллерийского училища, ему было присвоено звание младшего лейтенанта. С этого года он воевал на Юго-Западном и 3-м Украинском фронтах. В октябре 1943 г. Бакланов получил тяжелое осколочное ранение в бою под Запорожьем. После нескольких операций был признан негодным к строевой службе, но возвратился в полк. Участвовал в боях на Украине, в Молдавии, Румынии, Австрии, Венгрии. За декабрьские бои 1944 г. под Секешфехерваром получил орден Красной Звезды. Также был награжден медалями «За взятие Будапешта», «За взятие Вены», «За победу над Германией в Великой Отечественной войне 1941–1945 гг.», в 1985 г. – орденом Отечественной войны I степени.

Войну лейтенант артиллерийской разведки Григорий Бакланов закончил в Австрии.