Жекен Жумаканов поступил на военную службу в октябре 1941 г. Воевал в звании капитана в 100-ой отдельной стрелковой бригаде Рабоче-крестьянской Красной Армии, сформированной на основании приказа Народного комиссара обороны Союза ССР «О формировании национальных кавалерийских дивизий и национальных стрелковых бригад» от 26 ноября 1941 г. Был политруком роты, корреспондентом и организатором фронтовой газеты «Суворовец» Второго Прибалтийского фронта. Жумаканов один из немногих корреспондентов, который успел взять интервью у Героев Советского Союза, снайпера Алии Молдагуловой и пулеметчицы Маншук Маметовой. Девушки погибли на полях сражений.

В 1946 г. Жекен Жумаканов был демобилизован.

Награжден медалью «За победу над Германией в Великой Отечественной войне 1941–1945 гг.».