В 1941 г. Тарковский, вывезя близких в эвакуацию, упорно просится на фронт. Направление в действующую армию он получил в самом конце года. 3 января 1942 г. Приказом Народного Комиссариата Обороны за № 0220 Тарковский был «зачислен на должность писателя армейской газеты» и с января 1942 по декабрь 1943 гг. работал военным корреспондентом газеты 16-й армии «Боевая тревога». На передовую для сбора информации Арсений Александрович ходил, либо ездил через день. Тарковскому не раз довелось участвовать в боевых действиях. 13 декабря 1943 г. под г. Городок Витебской обл. Тарковский был ранен разрывной пулей в ногу. В условиях полевого госпиталя у него развилась самая тяжелая форма гангрены – газовая. В Москве, в Институте хирургии профессор Вишневский произвел ему шестую ампутацию. В 1944 г. Тарковский вышел из госпиталя, но после ранения уже не мог вернуться на фронт.

Награжден орденами Красной Звезды и Отечественной войны.