В годы Великой Отечественной войны Ислам Сафарли служил в разведке. В РККА с 11 марта 1942 г. С ноября 1942 г. сражался на Северо-Кавказском и 4-м Украинском фронтах. Принимал участие в боях за Грозный, Ростов-на-Дону, Таганрог. Служил в составе 77-ой стрелковой дивизии. Под Мелитополем Сафарли получил тяжелое ранение и полтора месяца пролежал в госпитале, после чего вернулся на фронт.

Сафарли участвовал в освобождении Украины и Крыма, переправлялся через Сиваш, принимал участие в штурме Сапун-горы. Эти события впоследствии были отражены в стихах и поэмах поэта.

27 ноября 1943 г. на территории Горностаевского р-на отряд, в который входил старшина группы Ислам Сафарли, получил задание захватить пленных. Подобравшись под сильным огнем к обнаруженному блиндажу противника, Сафарли и разведчик Журавлев, стреляя, заставили немцев скрыться в блиндаж. Затем забросав блиндаж гранатами, ворвались туда и взяли в плен оставшихся в живых 3-х немцев. За этот подвиг Сафарли 6 декабря 1943 г. был награжден орденом Славы III степени.

1 января 1944 г. в районе высот к северу с. Лопатки Горностаевского р-на разведывательная группа, в состав которой входил помощник командира взвода 3-й отдельной разведывательной роты 77-й краснознаменной стрелковой дивизии старшина Сафарли принял участие в захвате контрольного пленного. Операция, в ходе которой, разведчики, скрытно подобравшись к траншеям противника, открыли огонь по соседним немецким окопам (с целью прикрытия захватывающей группы), завершилась удачно. «Язык» был доставлен в часть. Ислам Сафарли же лично уничтожил четырех немецких военнослужащих. За этот подвиг Сафарли 21 января 1944 г. был награжден медалью «За отвагу».

В Прибалтике, под Шяуляем, Ислам Сафарли получил серьезное осколочное ранение и был переправлен в госпиталь, в Подмосковье, где и встретил День Победы.

Помимо ордена Славы и медали «За отвагу» Сафарли был награжден медалями «За оборону Кавказа», «За победу над Германией», «XX лет победы», «За доблестный труд в Великой Отечественной войне 1941–1945 гг.» и «За трудовое отличие».