Федор Пономарь начал писать стихи и короткие рассказы в студенческие годы. В это же время он стал печататься в газетах «Молдова сочиалистэ» и «Октомбрие». Первые свои произведения автор посвящал в основном студенчеству, а также описанию жизни страны в свое время (позже эта тема станет сквозной в его творчестве). Одна из самых знаменитых поэм «Госпожа и батрак», навеянная молдавским фольклором, вышла в свет в 1940 г.

В период Великой Отечественной войны, находясь на фронте, Федор Пономарь продолжал писать стихи, редактировал стенные газеты и боевые листки. Героизм советских людей, их дружба в борьбе против общего врага – ведущая тема послевоенной поэзии автора (автобиографическое стихотворение «Ответ дочери», поэма «Дружба» и др.). Сборники «Родина счастья» (1954), «Земные звезды» (1962) посвящены самоотверженному труду советского народа, его борьбе за мир. Тема колхозного крестьянства Молдавии нашла отражение в сборниках «Обновленная земля» (1953), «Цвет села» (1960) и др.

Пономарь также писал стихи для детей, известен как переводчик произведений русских и украинских писателей.

За личный вклад в советскую литературу награжден орденом «Знак Почета».