Во время Великой Отечественной войны служил в Красной Армии кадровым офицером (1941–1945). С самого начала Великой Отечественной войны до декабря 1941 г. Кешоков принимает участие в охране побережья, от немецкого десанта в г.Хосте. В декабре 1941 г. Алим Пшемахович в качестве командира взвода попадает во вновь сформированную 115-ю Кабардино-Балкарскую кавалерийскую дивизию и в ее составе направляется на передовую в район Ростова. Был ранен во время битвы под Сталинградом. После госпиталя Алима Кешокова направили в качестве сотрудника армейской редакции в 51-ю армию под командованием генерал-лейтенанта Крейзера. Фронтовые дороги вели его на запад: Донбасс, Запорожье, Мелитополь. В октябре 1943 г. – форсирование Сиваша, участие в боях за освобождение Крыма, за Сапун-гору. В июле 1944 г. – бои в Прибалтике, штурм Кенигсберга. Победу майор Алим Кешоков встретил в Литве. В июне 1945 г. по просьбе областного комитета компартии Кабардино-Балкарской АССР он был демобилизован и назначен народным комиссаром просвещения республики.

Награды: Орден Красной Звезды (дважды был награжден), Орден Отечественной войны I степени, Медаль «За боевые заслуги», Медаль «За победу над Германией в Великой Отечественной войне 1941-1945 гг.», Медаль «За оборону Сталинграда».