Борис Слуцкий был на войне четыре года. Осенью 1941 г. он, сдав досрочно экзамены в Литературном институте, уходит добровольно в армию, на Западный фронт. Во время Великой Отечественной войны с июня 1941 г. – рядовой 60-й стрелковой бригады, затем служил секретарем и военным следователем в дивизионной прокуратуре. С осени 1942 г. – инструктор, с апреля 1943 г. – старший инструктор политотдела 57-й армии. Несмотря на то, что был политработником, постоянно лично ходил в разведпоиски. Вместе с войсками фронта отступает от границ Белоруссии до Москвы, участвует в Московском сражении, в освобождении Украины и Молдавии, стран Восточной Европы. Слуцкому пришлось воевать на территории Болгарии, Югославии, Венгрии, Австрии, Румынии. Демобилизован в 1946 г. по болезни в звании гвардии майора. Награжден двумя орденами Отечественной войны I степени, орденами Отечественной войны II степени, Красной Звезды, медалями «За оборону Москвы», «За победу над Германией в Великой Отечественной войне 1941–1945 гг.», «За освобождение Белграда».