Когда началась Великая Отечественная война, ответственный секретарь Ярославского отделения Союза советских писателей В. А. Смирнов, зачисленный в армию, передал дела Лисянскому. Но Лисянский, пробыв в этой должности всего несколько дней, записался добровольцем в формируемую в Ярославле 243-ю стрелковую дивизию; был назначен командиром саперного взвода. 16 июля 1941 г. дивизия была отправлена на Западный фронт.

Летом 1941 г. в составе дивизии Лисянский принял участие в Смоленском сражении. В конце лета в ходе вражеской бомбардировки он был контужен, но вернулся в строй. Еще через некоторое время на ночных занятиях по боевой подготовке саперов Лисянский сломал ногу, провалившись в волчью яму в лесу.

После лечения в госпитале в Ярославле, в ноябре 1941 г. Марк Самойлович был направлен обратно в свою дивизию, которая в это время воевала на Калининском фронте, участвуя в битве за Москву.

Из-за сильной хромоты Лисянский не мог оставаться сапером и был назначен сотрудником дивизионной газеты «В бой за Родину», а впоследствии ее главным редактором. Был также специальным корреспондентом ряда фронтовых изданий.

В 1943 г. в дивизии оказалась жена Лисянского – она была корректором газеты «В бой за Родину» и радисткой. 243-я стрелковая дивизия участвовала в Сталинградской и Курской битвах и в Никопольско-Криворожской операции.

Приказом ВС 3-й гвардейской армии №: 56/н от: 11.05.1943 г. редактор газеты «За Родину» 243-й стр. дивизии старший лейтенант Лисянский награжден орденом Красной Звезды.

Летом 1944 г. Лисянский был переведен в 43-ю армию, где стал одним из дежурных редакторов газеты «Защитник Отечества». 43-я армия прошла Восточную Пруссию и Померанию, закончив войну под Данцигом. После Победы Лисянский побывал и в поверженном Берлине.

Награды: Орден Красной Звезды, Медаль «За победу над Германией в Великой Отечественной войне 1941–1945 гг.», Медаль «За взятие Кенигсберга».