В первые дни войны А. Харитановского направили на строительство эвакуированного военного завода «4А» (станция Кривощеково, ныне – район г. Новосибирска). 21 января 1942 г. был призван на службу на Тихоокеанский флот. Служил на авиационной базе 255-го истребительного авиаполка военно-воздушных сил Тихоокеанского флота. В составе 12-ой штурмовой авиадивизии флота участвовал в войне с Японией. За действия на побережья Кореи дивизия заслужила орден Красного знамени и наименование - Расинской. А. А. Харитановскому и его товарищам по подразделению приказом Верховного главнокомандующего И. В. Сталина была объявлена благодарность. В звании старшего лейтенанта уволен в запас 20 июля 1946 г.