Через несколько недель после начала войны С. П. Гудзенко записался добровольцем в ОМСБОН – Отдельную мотострелковую бригаду особого назначения НКВД СССР. Отбирали в это подразделение прежде всего спортсменов, причем такого уровня, как братья Знаменские. Как же туда попал 19-летний студент второго курса литфака Гудзенко? Объяснение простое: при отборе ценилась не только физическая подготовка, но и психологическая устойчивость, творческий склад ума, способность быстро принимать решения, знание языков, коммуникабельность. Все это было у Гудзенко. Бригада формировалась для разведывательных и диверсионных действий. Это было совершенно новое для нашей армии элитное подразделение. Поэтому С. П. Гудзенко можно по праву назвать первым поэтом советского спецназа. Уже в ноябре 1941 г. омсбоновцев небольшими отрядами забрасывали на оккупированную территорию. Отряды состояли только из добровольцев, связанных крепкой дружбой. В боевой обстановке важно было понимать друг друга без слов. Переходили линию фронта на лыжах, каждый тащил за спиной пятнадцать килограммов взрывчатки. Подрывали мосты, минировали шоссейные и железные дороги, забрасывали гранатами немецкие штабы.

2 февраля 1942 г. С. П. Гудзенко был ранен в живот осколком мины. Кто-то из друзей потом заметит: «пушкинское ранение». Семен выжил, но был признан негодным к строевой. С июня 1942 г. он служил в редакции газеты ОМСБОНа «Победа за нами».

Его фронтовой путь легко проследить по подписям под стихами: Сталинград, Киев, Днестр, Карпаты, Закарпатье, Румыния, Словакия, Венгрия, Прага.

Боевые награды: Орден Отечественной войны II степени; Орден Красной Звезды; Медаль «За оборону Москвы»; Медаль «За трудовую доблесть»; Медаль «Партизану Отечественной войны»; Медаль «За победу над Германией в Великой Отечественной войне 1941-1945 гг.»; Медаль «За взятие Вены»; Медаль «За взятие Будапешта»; Медаль «За освобождение Праги».